地球上的人类的安危被来自冥王星的巨大陨石(希腊神话)所威胁着。为了对抗，人类以国际太阳系开发机构为发足点，秘密进行着一向不为人知的开发计划，这个计划被命名为计划，这个计划的内容为利用在小笠原近海发现的迷之生命体龙进行生态兵器的开发，然后利用龙去直接破坏，正在这个计划正在推进的同时，因事故在年前失去家人的孤独少年与搭救他的迷之少女命运般的相遇了有关谜之生命体龙是拥有高智能以及超级攻击力的究极生命体。在小笠原冲深海发现的卵状态的龙被送往秘密的进行着培育。